Gesichert werden kann die Diagnose durch den röntgenologischen Befund, bei einem Dickdarmbefall auch durch die Endoskopie und Biopsie aus der Darmschleimhaut.
Für die Röntgenuntersuchung ist eine komplette Darstellung von Magen, Dünn- und Dickdarm erforderlich. So können auch asymptomatische Läsionen im oberen Gastrointestinaltrakt erfasst werden. Es finden sich Ulcerationen und kleinste Fisteln. Typisch ist der segmentale Befall mit einem Pflastersteinrelief, Wandstarre und Lumeneinengung. Spätfolge kann eine fadenförmige Stenose mit einer Erweiterung der vorgeschalteten Darmanteile sein.

Auch bei der Coloskopie imponiert das rauhe pflastersteinartige Relief. Die Ulcerationen unterscheiden sich in Form und Größe. Zumeist besteht ein Nebeneinander von frischen Geschwüren und Narben nach abgeheilten Läsionen. Auch eine Beteiligung des Dünndarms kann durch die Passage durch die zumeist beteiligte Bauhinsche Klappe erkannt werden.

Laborchemische Untersuchungen sind zumeist unspezifisch. Es findet sich eine Vermehrung der weißen Blutkörperchen und eine erhöhte Blutsenkung als Ausdruck der Entzündung. Als Folge des Blutverlustes sind die roten Blutkörperchen und auch der Eisenspiegel erniedrigt. Durch eine mikrobiologische Untersuchung des Stuhls können Infektionen ausgeschlossen werden.

Nach Sicherung der Diagnose kann der Schwergrad durch den Aktivitätsindex nach Best abgeschätzt werden. Dieser summiert alle möglichen Symptome, Laborbefunde und Köpergewicht zu einem Index.